Ursprünglich sollten Bettelordenskirchen überhaupt keine bunten Glasfenster haben - oder wenn schon, dann höchstens die Scheitelfenster im Chorraum hinter dem Hochaltar.

Anlässlich der Regotisierung des Kirchenraumes gegen Ende des 19. Jahrhunderts wurden die drei Spitzbogenfenster im Chorschluss mit  neo-gotischer Glasmalerei versehen, und zwar offensichtlich mit farbigen Heiligendarstellungen und Architektur-Ornamenten.  Diese Fenster wurden durch einen Bombentreffer am 19. Februar 1945 völlig zerstört.

Nach Wiederherstellung der Maßwerk-Elemente und Stäbe (durch Steinguss) wurde Prof. Franz Felfer beauftragt, drei Scheitelfenster zu entwerfen:  Das mittlere hatte das Patrozinium  „Mariae Himmelfahrt“ zum Thema, das rechte zeigt die bedeutendsten Heiligen des Franziskanerordens um dessen Begründer und das linke dem Orden nahestehende Selige und Heilige. Diese Fenster wurden 1960 in der Glaswerkstätte des Stiftes Schlierbach gefertigt.

In den Achtziger-Jahren beschloss man, die restlichen 10 Fenster des Hochchores bei Sr. Basilia Gürth OSB in Auftrag zu geben.
Zwischen 1982 und 1989 entstanden so Fenster zu den Themen „Das Blut Christi und die Eucharistie“, „Das Blut der franziskanischen Märtyrer“, „Franziskus und Klara als Ordensgründer“, „Caritas et Amor“,
„Der Friede des Herrn“, „Maximilian Kolbes Selbst-Opfer“, „Der geigende Franziskus“, „Die Schöpfung und das fleischgewordene Wort“, und schließlich „Die frohe Botschaft weitertragen“.

Die südseitigen Fenster des Langhauses waren im Zuge des Ausbaus der Klosteranlage in der Renaissance-Periode zugemauert worden und wurden erst während der Umbau-Tätigkeit in den Jahren 2006 und 2010 entdeckt und deren Steinrahmungen teilweise freigelegt (Nische im 1. Stock Nord sowie 4 Spitzbogen im 2. Stock Nord).

Die vier Langhaus-Fenster an der Nordseite und zwei an der Westfassade wurden ohne bunte Glasmalerei, und zwar mit Grisaille, also nur Ornamenten in verschiedenen Grautönen gestaltet.

Zuletzt wurde 2004 nach Fertigstellung der neuen Orgel auf der Empore das dahinterliegende Turmfenster bei Prof. Edith Temmel in Auftrag gegeben. In verschiedenen Blau-, Gelb- und Rottönen schuf sie einen abstrakten Entwurf zum Thema:  „Gottes Geist erfüllt das All“.
Die Ausführung war - wie auch bei allen anderen Fenstern - der Glaswerkstätte des Stiftes Schlierbach anvertraut worden.